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基礎(chǔ)科學(xué)領(lǐng)域的圖書出版，是科學(xué)出版社傳統(tǒng)的優(yōu)勢板塊，更是突顯學(xué)術(shù)價值的特色板塊。在出版基礎(chǔ)理論研究、國家級重大基本資料等方面，具有業(yè)內(nèi)公認(rèn)的權(quán)威地位，圖書市場占有率穩(wěn)居第一。出版了《中國植物志》（80卷126冊）、《中國動物志》（150余卷）、《中國孢子植物志》、《現(xiàn)代數(shù)學(xué)基礎(chǔ)叢書》（172冊）、《現(xiàn)代物理基礎(chǔ)叢書》（84冊）、《現(xiàn)代化學(xué)基礎(chǔ)叢書》、《中華人民共和國地貌圖集》等許多具有重要學(xué)術(shù)價值的經(jīng)典著作，成為典藏首選。《中國植物志》的編研榮獲國家自然科學(xué)獎一等獎（2009年）。

科學(xué)出版社一直面向國家重大科研需求，緊跟重大重點科研項目，立足科技前沿，出版了《納米科學(xué)與技術(shù)叢書》（80余冊）、《創(chuàng)新2050：科學(xué)技術(shù)與中國的未來》（18冊）、《中國可持續(xù)發(fā)展總綱》（20卷）、《未來10年中國學(xué)科發(fā)展戰(zhàn)略》（21冊）、《信息與計算科學(xué)叢書》（83冊）、《數(shù)學(xué)專著叢書（英文版）》（34冊）、《數(shù)學(xué)機械化叢書》（12冊）、《運籌與管理科學(xué)叢書》（27冊）、《光學(xué)與光子學(xué)叢書》（21冊）、《現(xiàn)代聲學(xué)科學(xué)與技術(shù)叢書》（24冊）、《半導(dǎo)體科學(xué)與技術(shù)叢書》（36冊）、《生物數(shù)學(xué)叢書》（20冊）、《非線性動力學(xué)叢書》（24冊）、《21世紀(jì)科學(xué)版化學(xué)專著系列》、《無機化學(xué)叢書》（10卷）、《中國化學(xué)科學(xué)叢書》（8卷）、《中國高等植物彩色圖鑒》（9卷）、《農(nóng)業(yè)重大科學(xué)研究成果專著》、《生命科學(xué)前沿及應(yīng)用生物技術(shù)》、《中國陸地和近海生態(tài)系統(tǒng)碳收支研究系列專著》（8卷）、《中國自然地理系列專著》（10卷）、《中國氣候與環(huán)境演變》、《地球觀測與導(dǎo)航技術(shù)叢書》（40冊）、《中國人文地理叢書》（8卷）、《中國生態(tài)環(huán)境演變與評估》（22冊）、《中國生態(tài)文明建設(shè)重大戰(zhàn)略研究叢書》（9卷）、《生物的起源、輻射與多樣性演變》、《10000個科學(xué)難題》（9卷）等一大批精品化、系列化、權(quán)威化的學(xué)術(shù)著作。 

本著“呈獻國內(nèi)外學(xué)術(shù)精華”的宗旨，在深入挖掘國內(nèi)出版資源的同時，科學(xué)出版社還廣泛展開與國際著名出版集團的合作，引進和翻譯了大批優(yōu)秀的國外著作，如《國外數(shù)學(xué)名著系列》（80種）、《國外物理名著系列》（32種）、《國外化學(xué)名著系列》、《生命科學(xué)名著》系列、《生命科學(xué)實驗指南系列》、《數(shù)學(xué)名著譯叢》（33種）、《現(xiàn)代數(shù)學(xué)譯叢》（30種）、《絲綢之路數(shù)學(xué)名著譯叢》、《現(xiàn)代化學(xué)前沿譯叢》等。

科學(xué)出版社還出版了《數(shù)學(xué)百科全書》（5卷）、《數(shù)學(xué)大辭典》、《英漢化學(xué)化工詞匯》、《英漢生物學(xué)詞匯》等一大批科學(xué)工具書。整理并再版了《中國科學(xué)技術(shù)經(jīng)典文庫》，含數(shù)學(xué)卷/物理卷/化學(xué)卷/力學(xué)卷/技術(shù)卷等50余卷經(jīng)典學(xué)術(shù)著作。

受黨和國家領(lǐng)導(dǎo)人關(guān)注的世紀(jì)出版工程《20世紀(jì)中國知名科學(xué)家學(xué)術(shù)成就概覽》也是由科學(xué)出版社完成的，該叢書共19卷62分冊，總字?jǐn)?shù)約4000萬。為紀(jì)念和弘揚華羅庚等老一輩科學(xué)家的杰出科學(xué)成就，科學(xué)出版社還出版了《華羅庚文集》（8卷）的一批著名科學(xué)家的學(xué)術(shù)文集。