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基礎(chǔ)科學(xué)領(lǐng)域的圖書(shū)出版，是科學(xué)出版社傳統(tǒng)的優(yōu)勢(shì)板塊，更是突顯學(xué)術(shù)價(jià)值的特色板塊。在出版基礎(chǔ)理論研究、國(guó)家級(jí)重大基本資料等方面，具有業(yè)內(nèi)公認(rèn)的權(quán)威地位，圖書(shū)市場(chǎng)占有率穩(wěn)居第一。出版了《中國(guó)植物志》（80卷126冊(cè)）、《中國(guó)動(dòng)物志》（150余卷）、《中國(guó)孢子植物志》、《現(xiàn)代數(shù)學(xué)基礎(chǔ)叢書(shū)》（172冊(cè)）、《現(xiàn)代物理基礎(chǔ)叢書(shū)》（84冊(cè)）、《現(xiàn)代化學(xué)基礎(chǔ)叢書(shū)》、《中華人民共和國(guó)地貌圖集》等許多具有重要學(xué)術(shù)價(jià)值的經(jīng)典著作，成為典藏首選。《中國(guó)植物志》的編研榮獲國(guó)家自然科學(xué)獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)（2009年）。

科學(xué)出版社一直面向國(guó)家重大科研需求，緊跟重大重點(diǎn)科研項(xiàng)目，立足科技前沿，出版了《納米科學(xué)與技術(shù)叢書(shū)》（80余冊(cè)）、《創(chuàng)新2050：科學(xué)技術(shù)與中國(guó)的未來(lái)》（18冊(cè)）、《中國(guó)可持續(xù)發(fā)展總綱》（20卷）、《未來(lái)10年中國(guó)學(xué)科發(fā)展戰(zhàn)略》（21冊(cè)）、《信息與計(jì)算科學(xué)叢書(shū)》（83冊(cè)）、《數(shù)學(xué)專(zhuān)著叢書(shū)（英文版）》（34冊(cè)）、《數(shù)學(xué)機(jī)械化叢書(shū)》（12冊(cè)）、《運(yùn)籌與管理科學(xué)叢書(shū)》（27冊(cè)）、《光學(xué)與光子學(xué)叢書(shū)》（21冊(cè)）、《現(xiàn)代聲學(xué)科學(xué)與技術(shù)叢書(shū)》（24冊(cè)）、《半導(dǎo)體科學(xué)與技術(shù)叢書(shū)》（36冊(cè)）、《生物數(shù)學(xué)叢書(shū)》（20冊(cè)）、《非線(xiàn)性動(dòng)力學(xué)叢書(shū)》（24冊(cè)）、《21世紀(jì)科學(xué)版化學(xué)專(zhuān)著系列》、《無(wú)機(jī)化學(xué)叢書(shū)》（10卷）、《中國(guó)化學(xué)科學(xué)叢書(shū)》（8卷）、《中國(guó)高等植物彩色圖鑒》（9卷）、《農(nóng)業(yè)重大科學(xué)研究成果專(zhuān)著》、《生命科學(xué)前沿及應(yīng)用生物技術(shù)》、《中國(guó)陸地和近海生態(tài)系統(tǒng)碳收支研究系列專(zhuān)著》（8卷）、《中國(guó)自然地理系列專(zhuān)著》（10卷）、《中國(guó)氣候與環(huán)境演變》、《地球觀測(cè)與導(dǎo)航技術(shù)叢書(shū)》（40冊(cè)）、《中國(guó)人文地理叢書(shū)》（8卷）、《中國(guó)生態(tài)環(huán)境演變與評(píng)估》（22冊(cè)）、《中國(guó)生態(tài)文明建設(shè)重大戰(zhàn)略研究叢書(shū)》（9卷）、《生物的起源、輻射與多樣性演變》、《10000個(gè)科學(xué)難題》（9卷）等一大批精品化、系列化、權(quán)威化的學(xué)術(shù)著作。 

本著“呈獻(xiàn)國(guó)內(nèi)外學(xué)術(shù)精華”的宗旨，在深入挖掘國(guó)內(nèi)出版資源的同時(shí)，科學(xué)出版社還廣泛展開(kāi)與國(guó)際著名出版集團(tuán)的合作，引進(jìn)和翻譯了大批優(yōu)秀的國(guó)外著作，如《國(guó)外數(shù)學(xué)名著系列》（80種）、《國(guó)外物理名著系列》（32種）、《國(guó)外化學(xué)名著系列》、《生命科學(xué)名著》系列、《生命科學(xué)實(shí)驗(yàn)指南系列》、《數(shù)學(xué)名著譯叢》（33種）、《現(xiàn)代數(shù)學(xué)譯叢》（30種）、《絲綢之路數(shù)學(xué)名著譯叢》、《現(xiàn)代化學(xué)前沿譯叢》等。

科學(xué)出版社還出版了《數(shù)學(xué)百科全書(shū)》（5卷）、《數(shù)學(xué)大辭典》、《英漢化學(xué)化工詞匯》、《英漢生物學(xué)詞匯》等一大批科學(xué)工具書(shū)。整理并再版了《中國(guó)科學(xué)技術(shù)經(jīng)典文庫(kù)》，含數(shù)學(xué)卷/物理卷/化學(xué)卷/力學(xué)卷/技術(shù)卷等50余卷經(jīng)典學(xué)術(shù)著作。

受黨和國(guó)家領(lǐng)導(dǎo)人關(guān)注的世紀(jì)出版工程《20世紀(jì)中國(guó)知名科學(xué)家學(xué)術(shù)成就概覽》也是由科學(xué)出版社完成的，該叢書(shū)共19卷62分冊(cè)，總字?jǐn)?shù)約4000萬(wàn)。為紀(jì)念和弘揚(yáng)華羅庚等老一輩科學(xué)家的杰出科學(xué)成就，科學(xué)出版社還出版了《華羅庚文集》（8卷）的一批著名科學(xué)家的學(xué)術(shù)文集。